Ο Κίσινγκερ έτρεφε μιαν εμπάθεια προς τον Αρχιεπίσκοπο Μακάριο, Εθνάρχη του Κυπριακού Ελληνισμού και Πρόεδρο της Κυπριακής Δημοκρατίας, όπως το ίνδαλμά του, ο Μέτερνιχ, έτρεφε αντιπάθεια προς τον σπουδαίο διπλωμάτη και πρώτο κυβερνήτη της Ελλάδος Ιωάννη Καποδίστρια.
Ο Μέτερνιχ είχε απολύτως αντίθετες απόψεις από τον Καποδίστρια για το μέλλον της Ευρώπης. Ο Καποδίστριας τον Οκτώβριο του 1814 μετέβη στη Βιέννη, για να συμμετάσχει στο εκεί περιώνυμο Συνέδριο. Από τον Δεκέμβριο του ιδίου έτους, κατόπιν εντολής του Μέτερνιχ, ετέθη υπό αυστηρή παρακολούθηση από τους μυστικούς πράκτορες της αυστριακής αστυνομίας. Με τις διάφορες μηχανορραφίες του ο Μέτερνιχ πέτυχε το 1822 να πείσει τον τσάρο Αλέξανδρο να απομακρύνει τον Καποδίστρια από Υπουργό των Εξωτερικών του. (βλ. Π. Πετρίδη «Η ευρωπαϊκή πολιτική του Ιωάννη Καποδίστρια», Έκδ. Αφών Τολίδη, Αθήνα, 1988, σσ. 31 και 53).
Τότε ο Μέτερνιχ πίστεψε ότι πέτυχε να «θάψει» τον Καποδίστρια και τις ιδέες του. Τον Αύγουστο του 1822 στη Βιέννη, είπε χαίρων στον στρατηγό Μέτλαντ, Βρετανό διοικητή των Επτανήσων: «Στρατηγέ μου, η αρχή του κακού ξεριζώθηκε, ο κόμης Καποδίστριας ετάφη για το υπόλοιπο της ζωής του. Θα ζήσετε ήσυχα στην Επτάνησο και η Ευρώπη θα απαλλαγεί από τους μεγάλους κινδύνους με τους οποίους την απειλούσε η επιρροή του ανδρός αυτού». (Αυτοβιογραφία Ιωάννου Καποδίστρια, Εκδ. Ερμείας, σελ. 167). Τελικά ο Καποδίστριας ήταν ο νικητής στην 15ετή ιδιότυπη μονομαχία τους. Οι Έλληνες απέκτησαν κράτος, το ίδιο και οι άλλοι καταπιεσμένοι λαοί της Ευρώπης και το ιδεολογικό σύστημα της Ιεράς Συμμαχίας διαλύθηκε. (Βλ. σχ. Γεωργίου Δ. Πουκαμισά «Ιωάννης Καποδίστριας: Εθνικός Αγωνιστής, διπλωμάτης, θεμελιωτής κράτους», Εκδ. Κασταλία, Αθήνα, 2017, σσ. 25 και 38-43).
Ο Κίσινγκερ με δυσκολία έκρυβε αυτή την αντιπάθειά του προς τον Αρχιεπίσκοπο Μακάριο. Σε συνέντευξη που έδωσε στον Βρετανό δημοσιογράφο Μπρένταν Ο΄ Μάιλι ο Κίσινγκερ προσπάθησε να αποκρύψει τα συναισθήματά του προς τον Μακάριο, όμως παραδέχθηκε ότι «δεν τον αγαπούσε ιδιαίτερα, αλλά δεν είχε και στρατηγική να τον ξεφορτωθεί...». (Brendan O’ Malley – Ian Craig « Η συνωμοσία της Κύπρου», Εκδ. Ι. Σιδέρη, 2002, σελ. 408). Βεβαίως τα γεγονότα τον διαψεύδουν. Στο βιβλίο του ”Years of Renewal” (Simon and Schuster, London, 2012, p. 200) ο Κίσινγκερ τον χαρακτηρίζει «πανούργο», «άμεσα υπεύθυνο για τις αναταραχές στην Κύπρο» και «ακροβάτη». Στο ίδιο βιβλίο του ο Κίσινγκερ εξαπολύει και άλλο ένα καρφί εναντίον του Αρχιεπισκόπου Μακαρίου, χαρακτηρίζοντάς τον ως «έναν μακιαβελικό με εκκλησιαστική περιβολή» (Ουιλ. Μάλλινσον «Ο Κίσιντζερ και η εισβολή στην Κύπρο», Εστία, σελ. 208). Σημειώνεται ότι μίσος εναντίον του Μακαρίου, που είχε ως αποτέλεσμα το έγκλημα σε βάρος του Κυπριακού Ελληνισμού, είχαν και εκκλησιαστικοί και θεολογικοί παράγοντες στην Ελλάδα, οι οποίοι έδρασαν εξυπηρετούντες ουσιαστικά τα σχέδια της χούντας και των ξένων παραγόντων. Αλλά αυτό σε έκταση θα δημοσιευθεί σε προσεχές άρθρο.
Η CIA και ο Κίσινγκερ, λόγω των θέσεων του, ασφαλώς γνώριζαν τις αλλεπάλληλες επιθέσεις κατά της ζωής του Αρχιεπισκόπου Μακαρίου και ήσαν ενήμεροι για το πραξικόπημα της χούντας σε βάρος της Κυπριακής Δημοκρατίας, το οποίο προφανώς δεν απέτρεψαν. Ο Ουίλλιαμ Κρόφορντ, πρέσβης στην Κύπρο μεταξύ 1974 και 1978 σε συνέντευξή του στον (αμερικανικό) Σύνδεσμο Διπλωματικών Σπουδών ανέφερε, μεταξύ άλλων: « Επιτρέψτε μου να πω, με μια γενική έννοια, η CIA θεωρούσε ότι οι αξιωματούχοι της χούντας ήταν αποδεδειγμένα φίλοι των Ηνωμένων Πολιτειών...». (Ουιλ. Μάλλινσον « Ο Κίσιντζερ και η εισβολή στην Κύπρο», Εστία, σελ. 163).
Στο Επίμετρο στην Ελληνική Έκδοση του ήδη αναφερθέντος βιβλίου του Μάλλινσον ο καθηγητής στο πανεπιστήμιο Ανατολικού Λονδίνου Βασίλης Κων. Φούσκας γράφει για τη σχέση του Ιωαννίδη με την CIA:
«Ο Ιωαννίδης πήρε το “πράσινο φως” για το πραξικόπημα κατά του Μακαρίου μέσω του ελληνοαμερικανού πράκτορα της CIA στην Ελλάδα, του λεγομένου Γκας Λάσκαρη Αβρακότο, ο οποίος είχε μόνιμα ανοιχτή γραμμή μαζί του. Ο Αβρακότο, βέβαια, ενεργούσε με εντολές της CIA και της Ουάσινγκτον. Το Υπουργείο Εξωτερικών των ΗΠΑ είχε προκαταβολική γνώση αυτών των εγχειρημάτων και το γνωρίζουμε αυτό από τον Τόμας Μπόγιατ, διευθυντή του γραφείου Κύπρου του ΥπΕξ των ΗΠΑ. (Αυτ. σελ. 323). Και όχι μόνο αυτό. Ο ίδιος ο ΥπΕξ της Βρετανίας Τζέιμς Κάλαχαν γνώριζε ότι οι Τούρκοι ετοίμαζαν εισβολή, αλλά το απέκρυψε από την Εξεταστική Επιτροπή της Βρετανικής Βουλής για την Κύπρο που τον εξέτασε» (Σημ. Η εξέταση διεξήχθη την Πέμπτη, 19 Φεβρουαρίου 1976, και αναφέρεται στη σελίδα 218 του βιβλίου του Μάλλινσον και στην υποσημείωση 2 ως εξής: «The Select Committee on Cyprus: Minutes of Evidence, Πέμπτη, 19 Φεβρουαρίου 1976, BNA-FCO 9/2192, φάκελος WSC 3/548/10, μέρος C».-
